Statistical methods for the structural analysis of highly flexible proteins - LAAS - Laboratoire d'Analyse et d'Architecture des Systèmes Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2023

Statistical methods for the structural analysis of highly flexible proteins

Méthodes statistiques pour l'analyse structural des protéines hautement flexibles

Résumé

The recognition of the functional relevance of disordered proteins has brought about a paradigm shift in Structural Biology. With the advancement of simulation methods and generative models, the scientific community now has access to atomic-resolution conformational ensembles of a large number of systems. However, the structural analysis of these objects cannot be carried out using the same techniques employed in the study of rigid/globular proteins. Their intrinsically probabilistic nature demands the move to a perspective that places statistics as a fundamental prism for understanding the sequence-structure relationship. In this thesis, we present statistical tools for the characterization and comparison, at both local and global scales, of ensembles of highly flexible proteins. The general strategy consists of defining probability distributions that accurately capture the structural variability of the ensembles, and then employing advanced statistical techniques to app! ropriately characterize and compare these descriptors. In some cases, the absence of tools well-adapted to the problem will lead us to the definition of new statistical methods that will be useful from a more general standpoint.
La reconnaissance de la pertinence fonctionnelle des protéines désordonnées a entraîné un changement de paradigme en biologie structurale. Avec les progrès des méthodes de simulation et des modèles génératifs, la communauté scientifique a désormais accès à des ensembles conformationnels à résolution atomique d'un grand nombre de systèmes. Cependant, l'analyse structurale de ces objets ne peut pas être réalisée en utilisant les mêmes techniques que celles employées dans l'étude des protéines rigides ou globulaires. Leur nature intrinsèquement probabiliste exige l'adoption d'une perspective plaçant la statistique comme un prisme fondamental pour comprendre la relation séquence-structure. Dans cette thèse, nous présentons des outils statistiques pour la caractérisation et la comparaison, à la fois à l'échelle locale et globale, d'ensembles de protéines hautement flexibles. La stratégie générale consiste à définir des distributions de pr! obabilité qui capturent avec précision la variabilité structurale des ensembles, puis à utiliser des techniques statistiques avancées pour caractériser et comparer de manière appropriée ces descripteurs. Dans certains cas, l'absence d'outils bien adaptés au problème nous amènera à définir de nouvelles méthodes statistiques qui seront utiles d'un point de vue plus général.
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

tel-04256428 , version 1 (24-10-2023)
tel-04256428 , version 2 (01-02-2024)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04256428 , version 1

Citer

Javier González-Delgado. Statistical methods for the structural analysis of highly flexible proteins. Statistics [math.ST]. UT3 : Université Toulouse 3 Paul Sabatier, 2023. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04256428v1⟩
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